CD1 :
Le premier CD s’ouvre en toute logique sur le thème d’introduction du jeu, à la guitare et à la bombarde, un thème dynamique et rythmé qui invite à l’aventure. La deuxième piste prend une tournure un peu moins enjouée, mais tout aussi dynamique, avec une dominante de percussion. Elle correspond à une séquence du jeu plus ou moins reprise de Radical Dreamers et constitue un avant goût de ce qui est sensé arriver par la suite dans le jeu.
Le CD rompt ensuite avec cette séquence introductive en alignant à la suite des thèmes relatifs aux lieux visités dans le monde de Home au tout début de la partie. C’est ainsi que l’on retrouve le thème d’Arni (piste 3), celui de l’île principale (piste 4), ceux de la plage d’Opassa (pistes 5 et 6). A l’exception du dernier, qui est une mélodie au piano empreinte de romantisme accompagnant un rendez-vous, les mélodies de ces différents thèmes ont des tonalités exotiques, évoquant tantôt l’aspect paisible d’un village de pêcheurs (piste 3) ou les dangers d’une contrée ensauvagée (piste 5).
Nouvelle rupture avec la piste 7 qui marque le changement de monde effectué par Serge : Another est une contrée plus mystérieuse que ne l’était Home, plus doucereuse peut-être. Le violon domine le thème de la carte de l’île principale (piste 7), la guitare et le piano celui d’Arni (piste 8), donnant une certaine tristesse à l’ensemble. Cette tonalité triste est confirmée par la piste 9, accompagnant des retrouvailles qui n’auraient jamais dû avoir lieu, et par la piste 10, lorsque Serge découvre sa propre tombe (la mélodie prend alors des tournures de requiem au violon et à la guitare).
L’aventure reprend avec un thème aussi mystérieux que la piste 7, plus inquiétant et inspirant le danger (piste 11). Toutefois, ce sentiment de danger reste de courte durée, puisque ce thème cède la place à celui de Termina (piste 12), une mélodie enjouée, qui évoque un port marchand sous les tropiques, une ville dynamique et belle, où les richesses coulent à flot et qui respire la joie. Cependant, cette ville comprend aussi ses lieux de tristesse, et la mélodie à la harpe et aux cordes que constitue la piste 13 en est un bel exemple.
Le retour à la sauvagerie mystérieuse d’Another s’effectue par le thème de la traversée d’une mystérieuse forêt (piste 14), aux sonorités cristallines et envoûtantes, lieu de passage vers le manoir de Viper. Ce dernier est accompagné d’une mélodie inquiétante, marquée par des bruissements divers, évoquant des grincements de porte (piste 15).
Le thème de la victoire (piste 16), repris de Chrono Trigger, marque à nouveau une rupture dans la trame musicale : le thème est enjoué et entrainant, mais il cède la place à une mélodie qui renoue de nouveau avec le mystère et l’inquiétude (piste 17), et qui, à l’instar de la piste 15, tranche avec l’atmosphère tropicalisante de l’ensemble.
Changement complet d’ambiance avec la piste 18, qui renoue avec celle, paisible, d’Arni (piste 8). Il s’agit, là encore, d’évoquer la tranquillité d’un village de pêcheurs, loin du rythme effréné de la vie de Termina. Le thème suivant est celui d’un marais sulfureux (piste 19), à l’atmosphère suffocante et respirant la sauvagerie. Par sa tonalité, elle se rapproche de la piste 11, mais l’impression de chaleur y semble plus marquée.
La piste 20 correspond au thème du jeu en version « boîte à musique », soit une petite mélodie un peu passe-partout, qui cède la place à un thème de voyage sur une mer d’huile (piste 21), calme et reposant, mais empreint d’une certaine soif d’aventure, au piano et à la guitare. Le thème suivant (piste 22), renoue avec celui du manoir de Viper (piste 15), dans une tonalité inquiétante.
On passe alors à un thème proche de la piste 19, mais avec un sentiment de chaleur insupportable beaucoup plus prononcé, marquant la traversée d’une région volcanique de l’île principale (piste 23). Presque retour à la case départ, avec le thème de la piste 24, proche dans ses sonorités de la piste 2, mais beaucoup moins dynamique et beaucoup plus inquiétante, avec implication de l’orgue et des bruissements proches de ceux de la piste 15.
Le dernier thème du premier CD (piste 25), est un chœur désespérant à souhait, marquant un passage important dans l’histoire, une rupture fondamentale.

CD2 :
Sentiment d’arriver dans un autre monde, encore plus exotique et sauvage que le précédent avec la première piste, qui ouvre la voie à un deuxième thème, proche de celui d’Arni d’Another (CD1, piste 8), joué à la guitare.
La troisième piste marque le retour à la civilisation, le retour à Termina, ou plutôt à une autre Termina, celle de Home. Son atmosphère y est beaucoup moins enjouée qu’en Another (CD1 piste 12), mais elle reste empreinte d’une impression de dynamisme et de richesse. Le thème suivant est encore plus dynamique, un nouvel appel à l’aventure et au combat (piste 4), que confirme le suivant (piste 5), accompagnant les voyages maritimes de l’équipe sur les eaux tropicales.
Les thèmes de Home, globalement, sont plus enjoués que ceux d’Another. La piste 6 le confirme, en se donnant une tonalité à la fois paisible et dynamique, reprenant des tonalités des pistes 3 et 4 du premier CD. Le thème de Marbule (piste 7) est un peu plus mystérieux bien qu’il inspire pourtant une certaine sensation de vitalité dissimulée. On retrouve cette vitalité plus explicitement exprimée dans la piste suivante, toujours marquée par des sonorités évoquant l’activité maritime sous un soleil brûlant, à la manière des thèmes de Termina (CD1 piste 12 & CD2 piste 3). La piste 9 est cependant très différente, avec des tonalités extrême-orientales, mais elle ne rompt pas pour autant avec l’ambiance d’ensemble.
Petit interlude avec la piste 10, courte mélodie accompagnant le sommeil des personnages, avant de repasser en Another, avec un thème de voyage maritime (piste 11) ; la différence avec Home (piste 5), y est nettement marquée, puisque ce thème est plus exotique, plus paisible, mais aussi plus mystérieux, peut-être plus aventureux. Nouvelle sensation de mystère, aussi, avec la piste suivante, légèrement empreinte de sauvagerie et où les percussions rythment un ensemble de sonorités orientalisantes.
Le thème suivant inspire en revanche le ridicule, avec des sonorités enfantines (piste 13). Mais le sérieux revient rapidement avec la piste suivante, dont la tonalité est proche de celle des pistes 19 et 23 du premier CD : la chaleur semble de nouveau suffocante, l’endroit hostile, la mort partout (piste 14).
Puis la chaleur disparait, laissant place aux ruines d’un avenir qui n’existera jamais : telle est la thématique de la piste suivante (piste 15) ; l’ambiance y est faussement calme, inquiétante, donnant l’impression qu’un ennemi mystérieux peut attaquer à tout moment. On dirait presque un univers de folie, aux sonorités cristallines et irritantes. Tout ceci n’était que le prélude à l’affrontement contre Miguel, sur un fond magnifiquement désespérant joué par un ensemble de cordes (piste 16). L’avenir à disparu, l’existence de Serge a remis en cause ce qui avait été accompli, seule la destruction restera. Le thème de l’écran de « game over », tout aussi désespérant, à la guitare et au piano, lui fait suite (piste 17), avant de céder la place à une mélodie cristalline et douce, quasi-mystique (piste 18).
L’atmosphère exotique revient après cet interlude, pour un thème presque sauvage et dynamique, où les percussions jouent un rôle important, au même titre que les sonorités orientalisantes (piste 19). Le thème suivant est celui des combats « de bas étage », un thème dynamique, mais stressant, où le violon a le beau rôle (piste 20), puis vient celui de la victoire absolue, un thème presque identique à celui de la piste 16 du premier CD (piste 21), mais plus enjoué.
La fin de ce deuxième CD est marquée par le retour à Marbule, avec la reprise de son thème principal, d’abord dans sa version Another (piste 22), plus calme et dense que sa version Home (piste 7). Arrive ensuite une courte version « chœur » (piste 23), puis deux courtes versions à la guitare électrique (pistes 24 & 25). Enfin, le CD s’achève avec le thème du réveil de Marbule, le spectacle des Magical Dreamers ; une reprise du thème principal de Marbule à la guitare électrique.

CD3 :
L’ouverture s’effectue par le thème de l’écran titre, qui est aussi celui des dragons (piste 1). Les chœurs s’associent à la harpe pour offrir une ambiance mystique et quasi-religieuse, une musique apaisante et probablement la plus belle du jeu. Cette musique cède alors sa place au thème de Chronopolis (piste 2), citadelle futuriste perdue dans le passé. L’ambiance devient alors plus stressante, plus technologique, avec des sonorités électroniques, bien que le piano domine. Suit alors le thème de F. A. T. E. (piste 3), dynamique et presque violent, associant le rythme tribal de la panthère-démon à l’environnement technologiquement avancé de Chronopolis ; l’issue du combat doit décider de l’existence du futur.
Le thème suivant rompt avec cette ambiance pour nous plonger dans les fonds marins de l’archipel El-Nido (piste 4), à la recherche d’un OVNI englouti par les flots. La mélodie est assourdie, reposante, avec un piano aux sonorités liquides.
Nouvelle rupture, avec le thème d’un incendie (piste 5), flashback dans les souvenirs de Kid. Orgues et chœurs donnent une tonalité sinistre à cette ambiance de mort par le feu. Mais une fois le sauvetage effectué, la peur et la tension laissent place à la tristesse (piste 6), le moment de la promesse.
La piste suivante, thème remanié de Chrono Trigger (piste 7), marque à nouveau une rupture. Elle est la mélodie du voyage, de l’aventure, de l’exploration et de la recherche des secrets ; un thème dynamique et enjoué, au violon, aux vents et à la harpe, où les percussions donnent une tonalité exotique à l’ensemble.
Retour, ensuite, à la trame du jeu avec un thème sinistre pour Dinopolis (piste 8), antique cité des reptiles. Sons de cloche et de boîte à musique, violons, guitare et clarinette nous invitent dans un gigantesque amas de ruines antiques ranimées par le bon vouloir du grand dragon, précédant un thème sinistre de sons de cloches et de clameurs sur fond de violons (piste 9). L’ambiance devient noire et désespérante, la fin approche. Le thème de Belthazar (piste 10), est celui de l’explication des secrets de Serge, de Kid et de Schala, et celui d’un nouvel espoir, avant le titanesque combat contre le Dieu-Dragon (piste 11), où chœurs affrontent violon et bombarde, sur fond orchestral. Le thème est dynamique, violent et laisse songer à un combat long et difficile, mais qui n’est pourtant pas le dernier. Celui-ci n’est d'ailleurs accompagné que de bruitages sinistres, de sons de tempête et de néants abyssaux (piste 12) ; l’univers de Lavos, en somme.
La Chrono Cross est activée (piste 13), la mélodie du temps résonne comme un cristal, repris par les violons, le piano, la clarinette et la harpe, pour annoncer la libération et le retour de Schala. L’une des plus belles versions du thème principal. Suit alors une reprise du thème entendu au début du jeu, à Opassa (CD1 piste 6), au seul piano, quasiment identique à celle-ci (à ceci près qu’elle est moitié moins longue).
Le générique de fin du jeu, Without Taking the Jewel (piste 15), est une reprise chantée du thème principal, accompagnée d’une guitare ; une chanson très douce et reposante, s’achevant par des chœurs. Le même thème est repris façon « boîte à musique », une dernière fois, pour clore le CD (piste 16).